DokuWikiは色々な使い方ができるので最適なアドバイスとならないかもしれませんが、私が使っていてこうした方が良いと思った事を書き出しておきます。

WordPressなどブログ系管理システムでは、投稿した記事が日付順・カテゴリ別に自動整理する機能があるので毎日新しいページで投稿すれば良いのですが、DokuWikiの場合は自動整理する機能が無いので自分で日付順やカテゴリ別のインデックスを作成する必要があります。

私の場合は「記事」と「日記(ブログ)」を分けそれぞれに「索引」を作っています。まずにカテゴリごとの名前空間に記事と索引を書き、その後ブログを月単位で書いて記事にリンクするようにしています。ブログを月単位としてるのはWordPressの月別アーカイブと同じ感覚です。

具体的には次のような感じです。横軸が名前空間、白い部分が記事になります。索引がWordPressで言うアーカイブに相当します。

運用するなら専用にDokuWikiを立ち上げて「名前空間を1つだけ」で使う事をオススメします。理由はリンクが簡単だからです。（辞典に無関係のページには名前空間を使っても良いです）

1つの名前空間で運用する場合は下図のようにページ名でそのままリンクできます。

例文：[[日本]]の初代[[内閣総理大臣]]は[[伊藤博文]]である。

名前空間を使ってしまうと

例文：[[国家:日本]]の初代[[役職:内閣総理大臣]]は[[人名:伊藤博文]]である。

となり文書作成が大変になります。

ただし、DokuWikiはデータベースを使ってないため文書が増えると処理速度に大きく影響が出るので注意が必要です。古い簡易サーバー(Marvell2.0GHz＋SSD)に1万ページ作るとキャッシュクリア後の初回表示や検索やサイトマップ表示で実用的では無い待ち時間が必要でした。

DokuWikiでは文書作成中に画像やファイルなどのメディアファイルをアップロードすると文書と同じ名前空間に保存されますが、文書とは別の“不変”の名前空間で管理した方が良いです。

理由は3つあります。

1つめの理由はメディアマネージャーは画像ファイルが多くなるとサムネイル表示に時間がかかるためです。通信回線やサーバーの能力によりますが100枚もあてば影響を感じます。画像を多く使用する名前空間ではすぐ限界が来るので月単位などで分散させた方が良いです。

2つめの理由はアップロードは権限が高い事です。DokuWikiのアクセスコントロールは「読取→編集→(新規)作成→アップロード→削除」の順なので第三者にアップロード権限を与えると文書の新規作成もできるようなります。そのため文書を編集までしか許可しない場合は文書用の名前空間と画像用の名前空間を分ける必要があります。（アップロード用の名前空間には文書の新規作成ができますが他の文書が無ければ発見し削除するのは簡単です）

3つめの理由はメディアファイルは文書からリンクが1つでもあると削除できない仕組みだからです。文書を別の名前空間に移動する場合に、自分に編集権限の無い文書からメディアファイルにリンクがあるとファイルを削除できない→名前空間を削除できない状態となります。これを繰り返すとファイル・フォルダのツリーが乱雑になりメンテナンスの足かせとなります。

以上の事からメディアファイルは文書とは名前空間を分けて不変の名前空間で管理した方が良いです。

私の場合は基本は一人で運用しているので、基本は月別の名前空間を作ってアップロードします。旅行などでアップロードする画像が多い場合は日付付きの名前空間にアップロードしています。

企業など複数で運用する場合はユーザー名と月別で名前空間を作成すると良いかもしれません。

DokuWikiに足りない機能を補ってくれるのがプラグインですが、プラグインは将来的に開発が止まったりバグで利用できなくなったりDokuWiki本体のバージョンアップの影響で動作に不具合が出る事がありますので下記の点の注意してインストールした方が良いです。

1.プラグインをアンインストールしても通常動作に影響が出ない物を選ぶ

文書に手を加えない入力支援や管理者専用のプラグインであればアンインストールする事態になってもフロント側のWebサイトには影響が出ません。

2.使用範囲が少ない物を選ぶ

専用タグなどで文書を加工するタイプで使用範囲が広いと、アンインストールする事態になった時にタグを削除するなどの修正が広範囲に及び修正作業に時間がかかります。使用範囲がトップページやサイドバーなど限られた場所だけであれば修正も簡単に終わります。

3.利用者が多く定期的にバグの修正が行われているプラグインを選ぶ

利用者が多ければバグは不具合の発見が早く、バグ修正が行われてるならDokuWiki本体やPHPのバージョンアップ時でも継続して使える可能性が高いです。（しかし新しくても安心はできませんアップデート直後は別のバグが発生する可能性はあります）

4.上記に関係なくプラグインを多く入れれば、それだけセキュリティリスクやバグなど発生しやすくなりますので本当に必要なプラグインだけ入れるのが良いです。